Bonjour à tous,

Aujourd’hui nous avons un article en 2 parties: les graphs habituels et nous allons essayer de faire quelques prédictions sur le nombre de cas.

Graphs

• France: le nombre de nouveaux cas journaliers a ré-augmenté sur les derniers jours mais c’était à prévoir au regard des tendances des dernières semaines. Le nombre de morts français est toujours important par rapport au nombre de cas comparé aux autres pays (cf graphiques superposés).
• US: depuis maintenant 2 semaines l’analyse est la même: le nombre de nouveaux cas vacille mais ne baisse pas franchement. Le bilan américain est désormais de 869 170 cas (32% des cas mondiaux) et 49 954 morts (26% des cas mondiaux)
• Italy: une baisse à rythme constant.
• Allemagne: malgré un nombre de cas journaliers en baisse, le nombre de morts continue d’augmenter doucement. On peut se demander si le virus ne commence pas à toucher les populations les plus fragiles, jusque là épargnées en Allemagne (cf article du Monde cité il y a deux jours).

Prédictions

Un article complet a été écrit sur ces prédictions et est disponible ici.

Introduction

Essayons d’apporter quelques informations nouvelles à ce brief par des prédictions. Dans le modèle épidémiologique le plus basique, le nombre de cas cumulés d’une épidémie peut être modélisé par une fonction que l’on appelle une régression logistique:

En ajustant ces 3 paramètres par rapport aux données que nous avons déjà, il est possible d’essayer de prédire l’évolution du nombre de cas.

C’est ce que nous avons fait pour la France, les US, l’Italie et l’Allemagne. En bleu, ce sont les données que nous avons et en rouge, c’est la modélisation.

Le graph de gauche représente le nombre de cas en fonction du temps, celui sur lequel la modélisation est faite.

Sur le graph de droite nous avons le nombre de nouveaux cas journaliers. Ce graph est juste là à titre d’information, aucune modélisation n’est réalisée dessus.

Dernière remarque, dans la légende, chaque graph a un paramètre qui est affiché, il représente la validité de la modélisation, plus il est proche de 1, mieux le modèle colle aux données

Graphs et analyse

Récapitulons les résultats dans un tableau:

Pays	Nombre de cas maxi prédits	% du nombre de cas déjà atteints	Date à laquelle nous aurons 99% des cas
France	124 000	94	04/05/2020
US	910 000	89	08/05/2020
Italie	200 000	92	13/05/2020
Allemagne	153 000	97	01/05/2020

Remarque: le nombre de cas maximaux prédits est arrondi à près

Concrètement, que veut nous dire ce tableau ?

• Avancée dans l’épidémie: c’est l’Allemagne qui est la plus avancée, sachant que 97% des cas qui vont êtres contaminés l’ont déjà été. On peut s’étonner de voir que l’Italie n’a atteint que 92% de son maximum. C’est pourtant bien ce qu’on observe quand on compare les courbes italiennes à celles françaises ou allemandes. Cependant, on observe aussi que le modèle italien est celui qui colle le moins bien aux données.
• Sortie de l’épidémie: elle se fait logiquement le plus tôt pour l’Allemagne. Ainsi on peut estimer que dans environ 1 semaine, ce pays devrait avoir eu 99% de ses cas (il y aura tout de même environ 250 cas de plus par jour).
• Le cas américain: les US sont encore très loin de la fin, ils semblent à peine avoir passé le pic. Cependant leur descente étant plus rapide que les autres (sur la courbe de droite on voit que « la cloche est plus resserrée » que les autres pays), le modèle prévoit une sortie de crise avec 99% des cas contaminés le 13 mai (dans un peu moins de 3 semaines). A ce moment, les US auront encore 1400 nouveaux cas supplémentaires/jour. Il est important de garder en tête que ces prédictions ne prennent pas en compte la conjoncture sociale et la possibilité d’un déconfinement précoce de ce pays.

Ce ne sont que de modestes prévisions sur un modèle extrêmement basique, elles sont donc à prendre avec le recul nécessaire.

Bonne journée,

Clément

Bonjour à tous

Une analyse en 2 parties aujourd’hui: une sur les pays habituels (France, US, Italie, Allemagne) et une sur des pays Européens (France, Espagne, Italie, Pays-Bas)

Sur le 1er groupe:

• France: Comme lundi, on voit bien que le confinement permet de réellement faire baisser le nombre de cas. A l’échelle mondiale, la France a relativement peu de cas (cf graphes superposés): 4,4%. Cependant nous avons 11,7% des morts mondiaux. De plus, nos victimes du COVID-19 sont à 38% des retraités en EHPAD.
• US: Côté américain, on observe toujours un plateau sur le nombre de cas, la tendance n’est donc pas encore à la baisse. En parallèle, les manifestations se multiplient pour demander le déconfinement et la relance de l’économie, le taux de chômage étant actuellement estimé à 13% (taux le plus élevé aux US depuis la Grande Dépression des années 30).

• Italie: L’Italie reste le pays qui a entamé la baisse de croissance du nombre de morts la plus franche.
• Allemagne: La situation en Allemagne est plutôt bonne. Vous trouverez quelques éléments d’analyse dans cet article du Monde quant à sa gestion de la crise par rapport à la France.

Pour la comparaison entres les pays Européens:

• Tout d’abord, il est intéressant d’étudier l‘Espagne, l’Italie et la France qui ont tous les trois abordé l’épidémie avec une politique de confinement strict. On voit d’ailleurs que l’allure des courbes est similaire: le nombre de nouveaux cas journaliers baisse pour l’ensemble des pays, à un rythme similaire, même si la France a moins de cas. Le nombre de morts est quasiment le même pour les 3 pays. Cela souligne ce qui a été dit au dessus, en France le nombre de morts est particulièrement important proportionnellement à la population et au nombre de cas.
• Maintenant, il est intéressant de comparer les pays latins aux Pays-bas. Ces derniers ont pratiqués le ‘confinement intelligent’ après avoir essayé d’obtenir l’immunité collective. C’était en réalité un confinement moins strict que ce qui était observé dans le sud de l’Europe avec, par exemple, plus de commerces restés ouverts. Aujourd’hui, la situation semble bien plus favorable qu’en France, mais le décompte du nombre de morts est contesté. En effet, seuls sont comptés les personnes décédées à l’hôpital et diagnostiqués COVID+ au préalable. Ce chiffre pourrait être, en réalité, deux fois plus important, d’autant plus que les tests sont réservés aux personnes vulnérables et personnels soignants. On estime que 6% de la population hollandaise a été contaminée vs 5.7% en France… Deux chiffres très similaires donc.

Ces briefs se concentrent principalement sur la situation globale à l’échelle mondiale mais pour obtenir des chiffres plus précis sur la France, ce dashboard fait par Gaëtan Lavenu est intéressant.

Bonne journée,

Clément

Bonjour à tous,

Quelques éléments d’analyse pour les graphs d’aujourd’hui :

• France: Malgré des variations importantes, globalement, le nombre de nouveaux cas baisse d’environ 1000 par semaine. On peut ainsi espérer avoir autant de cas la semaine prochaine que l’on en avait au début du confinement. Attention cependant, le nombre de morts reste haut et pourrait bien dépasser l’Italie courant semaine prochaine.
• US: Comme on le voit depuis 15 jours, le nombre de nouveaux cas journaliers est constant. Pour aucun des autres pays un tel plateau a été observé dans la longueur. Cependant le nombre de nouveaux morts journaliers n’étant quasiment pas en baisse on se doute que le pic n’est pas encore atteint.
• Italie: Encore une fois en Italie c’est une baisse assez régulière que l’on observe. Elle est cependant légèrement plus lente que celle de la France: -1000 nouveaux cas journaliers tous les 8/10j
• Allemagne: Le cas allemand est étudié depuis le début car présente beaucoup de similarités avec la France en terme de nombre de cas. On observe que l’évolution du nombre de cas suit la tendance française (avec plus de cas pour l’Allemagne, 145 184 vs 112 606 pour la France).

Bonne journée,

Clément

Bonjour,

Analyse des graphs

Pour l’Europe, les chiffres de cette semaine ne sont pas très bons. Les cas, à l’échelle de la semaine, tendent à baisser mais pas de manière très rapide. Le nombre de morts tend à se stabiliser.
Pour les US, en comparant à l’Europe on voit que l’épidémie est loin d’être endiguée bien que D. Trump autorise la réouverture du pays. Cependant cette ouverture se fera à la discrétion des gouverneurs. On imagine mal comment le pays pourrait reprendre une réelle activité économique avant fin mai.

Les graphs mondiaux:

Analyse de la mobilité

Apple a publié hier les données d’utilisation de Plan: plus précisément comment a évolué le nombre de requêtes faites sur son application pour les trajets en voiture, à pied et en transports en commun. Vous trouverez les graphs de l’évolution du trafic en voiture et en transports (le trafic piéton est quasiment similaire au trafic routier).

• Italie et France: on pourra s’étonner de voir que les baisses de l’utilisation de l’appli GPS ont commencé avant le confinement. Pour le trafic routier, la baisse est significative: -80%. Attention, cela ne représente  pas forcément la baisse réelle du trafic. En effet, il est assez rare d’utiliser son GPS pour aller à la boulangerie…
• Allemagne: j’ai indiqué le début du confinement quand le gouvernement allemand a demandé de limiter ses mouvements, mais rappelons que chaque Länder a une politique différente et beaucoup n’ont pas un confinement strict. Cela se voit d’ailleurs sur les courbes: les déplacements n’ont baissé que d’environ 50% en terme de trafic routier.
• US: on observe -40% de trafic routier, bien supérieur aux 3 pays européens. En effet, là bas, les règles de confinement dépendent des états. Il y a d’ailleurs 10 états qui ne sont officiellement pas confinés.

Enfin, on observe bien que le trafic en transports en commun a largement plus baissé que le trafic routier.

Je vous souhaite un bon week-end.

Clément

Bonjour à tous, 

Sur la carte aujourd’hui, une nouvelle information: comment évolue l’augmentation du nombre de cas. Elle est très simple à lire: plus c’est rouge, plus le nombre de cas par rapport au jour précédent est important (exemple 500 nouveaux cas hier, 1000 aujourd’hui), plus c’est bleu plus le nombre de cas par rapport au jour précédent a baissé (exemple 1000 nouveaux cas hier, 500 aujourd’hui). Vous pouvez survoler les pays pour avoir plus de détails.

Pour l’analyse:

• France: A ce rythme, nous devrions avoir une situation similaire à celle de l’entrée en confinement d’ici 10/15j. Nous avons dépassé hier les 100 000 cas détectés. L’évolution du nombre de morts est encourageante.
• US: Une tendance qui se confirme à la baisse.

Clément

Bonjour à tous,

Cette semaine, nous avons un nouvel outil pour observer les données: une carte interactive avec le nombre de cas et de morts dans tous les pays du monde ayants des cas recensés. Vous observerez qu’il y a un curseur de temps permettant de faire défiler les jours. En passant sur les bulles, vous aurez aussi le nombre précis de cas ou de morts. Cette carte se trouve sur cette page. Attention ça ne fonctionne pas sur mobile!
Sinon pour nos courbes habituelles, voilà ce que l’on peut en conclure:

• France: Nous voyons bien que la tendance est à la baisse que ce soit dans l’augmentation du nombre de cas ou de morts journaliers. Cependant la baisse n’est pas franche: la fin du confinement ne sera pas pour tout de suite. A l’entrée en confinement, nous avions 1000 nouveaux cas/j, or, aujourd’hui, nous en avons encore entre 3000 et 4000. Il faut noter aussi un triste bilan en EHPAD: 5000 sur le 14400.
• US: Comme discuté vendredi, les Etas-Unis ont désormais dépassé l’Italie en nombre de morts ce WE. De plus, la baisse du nombre de cas journaliers n’est pas réellement entamée. Ils ont 10x plus de nouveaux cas journaliers que l’Europe. Cependant, les malades sont sûrement plus testés qu’en Europe étant donné que le nombre de morts journaliers est de 2000 comparé à 600 en France.
• Italie: Là encore, comme pour la France, ils sont très loin du nombre de cas journaliers lors de la mise en confinement. J’en profite pour faire une remarque de l’ordre mathématique, selon les modèles comportementaux (basiques) en épidémiologie, la croissance du nombre de cas est aussi rapide que la décroissance i.e. s’il y a eu 15j entre la mise en confinement et le pic de l’épidémie, il y aura 15j après le pic pour que le nombre de cas journaliers revienne à celui au moment du confinement.
• Allemagne: Comme toujours très similaire à la France avec beaucoup moins de morts.

Bonne fin de WE de Pâques,

Clément 

Bonjour à tous, 
Pour les chiffres d’hier:

• France: pour la France, et pour tous les pays, la situation sur les 2 derniers jours s’est (plutôt) aggravée: on est de retour sur une augmentation journalière semblable à celle du début de semaine. Cependant, hier,  le nombre de cas admis en réanimation a baissé de 82 personnes, signalant une potentielle décharge de nos hôpitaux.
• US: Le nombre de nouveaux cas stagne. A NYC, la situation s’améliore. Cependant il n’y a pas de confinement aussi strict qu’en France généralisé à tout le pays: les américains restent relativement libre de leurs mouvements. On peut alors se demander s’il n’y aura pas de nouveaux pics dans d’autres états/villes peuplés. Pour une bilan sur situation là bas, je conseille cet article du NYTimes, très visuel. De plus, on peut prévoir que les US auront plus de morts que l’Italie d’ici dimanche.
• Italie: Le nombre de cas Italien continue a augmenter de manière semblable à la France et l’Allemagne: nous voyons alors bien qu’il n’est pas le moment de rompre le confinement étant donnée la décroissance a du mal à s’inscrire dans la durée.
• Allemagne: Les allemands aussi ont du mal à confirmer la baisse du nombre de cas journalier: ils oscillent entre +4000 et +7000 depuis une semaine.

Enfin, une remarque global, on peut voir sur le 1er graph que si aucune mesure de confinement n’avait été prise, nous aurions plus de 1 million de cas aujourd’hui dans chacun des pays ci-dessus.

Bonus du jour: un article des Décodeurs du Monde sur les scenarii possibles de déconfinement accompagnés de schémas. 
Bon WE à tous,Clément

Bonjour à tous, 

Comme annoncé lundi, les graphes changent aujourd’hui: on retrouve toujours l’évolution du nombre de cas et de morts en fonction du temps. A ces 2 graphs s’ajoutent le nombre de cas/morts supplémentaires par rapport au jour précédent.
L’analyse:

• Monde: il est interessant de s’attarder sur les graphiques du monde aujourd’hui. En effet, pour le 3ème jour consécutif, et pour la première fois de l’épidémie, le nombre de nouveaux cas journaliers baisse, indiquant que la situation s’améliore au niveau mondial.
• France: Si on ne prend pas en compte la légère hausse du 04/03, c’est pour nous le 6ème jour de baisse consécutif du nombre de nouveaux cas journaliers. Avec une augmentation de 3% par jour du nombre de cas chaque jour, nous avons désormais de meilleurs chiffres que l’Italie. Cependant le nombre de morts reste à surveiller, l’augmentation soudaine d’hier étant surement due à un retard de l’enregistrement des morts du WE, selon le gouvernement. Chiffre aussi encourageant, le nombre de personnes admises en service de réanimation est aussi à la baisse. Le nombre relativement faible de cas implique aussi que le déconfinement sera une équation compliquée, l’immunité de groupe étant atteinte lorsque 60% de la population, au minimum, a été touchée.
• US: On semble observer une décroissance du nombre de cas depuis 3j, comme dans le monde – ce qui est assez logique sachant que les US ont 40% des cas mondiaux. Le nombre de morts continue d’augmenter et va bientôt dépasser le nombre italien, faisant des US le pays le plus touché par cette épidémie  en nombre de cas et de morts (à la précision près du comptage chinois…).
• Italie: Comme on le voit depuis un certain temps l’Italie est sur la bonne pente. Même si le nombre de cas baisse moins vite qu’en France étonnement.
• Allemagne: l’Allemagne soufre d’un certain retard, le nombre de morts augmentant – cependant il est quand même très inférieur à celui Français ou Italien.

Bonne journée,

Clement 

Bonjour à tous,

Théorie des phases de l’épidémie

Ce WE j’ai rajouté 2 courbes (en p2 du PDF) : le nombre de nouveaux cas déclarés par jour et le nombre de morts/j. En effet, une épidémie est en trois phases:

1. Croissance exponentielle: chaque jour le nombre de cas est multiplié par un nombre constant, qui était de l’ordre de 1.2/1.3 i.e. le taux de croissance était constant. Phase observée en France jusqu’au 20/03
2. Ralentissement de la croissance: le taux de croissance décroît MAIS le nombre de cas journalier continue à augmenter (ou est constant). Phase observée en France entre le 21/03 et maintenant
3. Baisse du nombre de cas journalier: le taux de croissance continue à décroitre ET le nombre de cas journalier décroît aussi. C’est le fameux pic de l’épidémie. C’est ce qu’on observe en Italie depuis le 30/03.

Pour suivre la phase 1 et 2, il suffisait d’observer le taux de croissance. Cependant, maintenant que l’on guette la phase 3, il est nécessaire de connaitre aisément ce nombre de cas/morts journalier, d’où les 2 nouveaux graphiques. Pour aujourd’hui, je garde la courbe du taux de croissance et du taux de létalité mais en fin de semaine elles seront remplacées par celles de l’augmentation journalière du nombre de cas/morts.
Maintenant pour l’analyse en ce lundi 06 avril:

Pour de plus amples détails je vous invite à lire l’article sur ce sujet (à venir)

Analyse

• France: tous les indicateurs (taux de croissance et nombre de cas supplémentaires par jour) tend à nous dire que l’on rentre en phase 3. Cependant, comme on peut le voir sur les courbes de l’Italie, nous ne sommes pas à l’abris d’une ré-augmentation du nombre de cas journaliers. 
• US: attention les US ont leur propre échelle à droite pour le nombre de cas supplémentaires journaliers, leurs chiffres étant très supérieurs aux nôtres. Mais sur cette courbe nous sommes plus intéressés par son allure que les chiffres (en particulier nous voulons voir quand cette courbe commencera à décroître). Les chiffres sont plutôt encourageants indiquant une phase 2 bien entamée. Cependant côté américain on s’attend à la semaine la plus compliquée depuis le début, ce serait « leur Pearl Harbor » (Source). 
• Italie: La décroissance du nombre de cas journaliers semble s’inscrire dans la durée et s’accompagne d’une baisse franche du nombre de morts journaliers. 
• Allemagne: l’Allemagne a passé les 100.000 cas et semble commencer, avec un peu de retard, sa décroissance du nombre de cas journaliers. 

Bonus du jour: je vous propose aujourd’hui un diaporama d’un Professeur de l’Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon, Pr Michel Pépin, sur les coronavirus en général et le SARS-CoV2.
Je vous souhaite une bon début de semaine, 

Clément

Bonjour à tous, 
Pour l’analyse:

• France: Malgré un début de semaine pas exceptionnel en terme de croissance, nous sommes bien passés sous la barre des 10% comme on pouvait s’y attendre. Le taux de mortalité a fortement augmenté (+2pt, il est à 9%) mais c’est un chiffre artificiel: tous les morts dans les EHPAD comptabilisés ont été rajoutés hier (pour le moment 884 morts dans les EHPAD sur 5398 morts au total, soit 16%). Le bilan dans les EHPAD est encore lacunaire. On serait toujours à 8j de retard de l’Italie si on regarde les taux de croissances. Courant semaine prochaine, on peut espérer avoir un nombre de cas supplémentaires par jour constant, ce qui indiquerait que le pic est atteint.
• US: Côté américain, il semblerait que globalement l’épidémie ralentisse avec une petite semaine de retard par rapport à l’Allemagne ou la France si on considère le taux de croissance. De plus, malgré le fait qu’ils regroupent 1/4 des cas mondiaux (24%), ils ont seulement 1/10 des morts mondiaux.
• Italie: L’Italie a désormais moins de 500 nouveaux cas déclarés par jour. Le taux de létalité commence aussi à stagner. C’est un vrai signe d’espoir! 
• Allemagne: Je revois les prédictions, vraisemblablement les allemands ne rejoindront pas les Italiens avant la fin de la semaine prochaine.
• Monde: on a désormais passé le million de cas pour 52 983 morts, soit un taux de mortalité à 0.5%. Cela pose question sur la qualité du décompte du nombre de morts dans certains pays sachant qu’on est supérieur à 2% pour beaucoup de pays.

Bonus du jour : Google, à l’aide des utilisateurs Google Maps ayant activé l’historique des positions, a pu estimer la baisse de fréquentation des lieux (type parcs, commerces) pour aider les gouvernements à comprendre les effets du confinement. Le rapport se trouve ici.

Bonne journée,

Clément